En la cosmogonía heliopolitana sus padres eran Geb y Nut. Era más prominente mitológicamente como la esposa y hermana de Osiris y la madre de Horus y fue venerada como la esposa y la madre arquetípica. Plutarco escribió un relato narrando su historia:

Osiris, hermano y esposo de Isis, reinaba en el antiguo Egipto con paz, armonía y sabiduría. El Nilo fertilizaba la tierra y las cosechas eran abundantes. Sus súbditos eran felices. Un día, Osiris salió de viaje para conocer otras civilizaciones y dejó el reino bajo el mando de su esposa Isis. Seth, su envidioso hermano, se sintió humillado pues creía que él debería gobernar y no Isis.

Cuando el dios Osiris volvió, Seth quiso hacer una gran fiesta de bienvenida y lanzó un desafío a los invitados: aquél que entrase en el cofre que Seth había traído, éste se lo regalaba como prueba de fidelidad y respeto. Muchos intentaron pero el cofre resultaba pequeño o grande. Osiris, curioso, quiso probar y le encajó perfectamente bien. Seth sabía el tamaño del hermano y era por esto que el cofre le había servido como un guante. Inmediatamente el hermano, junto con 72 cómplices, cerraron la caja de metal herméticamente y la arrojaron al Nilo.

Isis, con amor y confianza, empezó su travesía para recuperar el cuerpo de su esposo. Después de largas y penosas caminatas por Egipto, la diosa encontró el cofre con los restos de Osiris. Pero el drama continuó cuando Seth, en su maldad sin fin, robó el cadáver y lo cortó en catorce pedazos que, nuevamente, esparció por todo el reino. Isis no se rindió y, en compañía de su hermana Neftis, la esposa de Seth, recorrió cada lugar del reino. Finalmente consiguieron encontrar todos los pedazos con excepción del pene. Sin embargo, Isis reconstruyó a Osiris ayudada por Anubis y Neftis, e impregnada de él concibió a Horus niño "Harpócrates", quien posteriormente vengaría a su padre luchando contra Seth.